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2009年2月11日，國家海關總署、財政部、國家稅務總局和國家外匯管理局聯合批準設立南寧保稅物流中心。南寧保稅物流中心位于南寧市南面，五象新區西南端，是中國—東盟國際物流基地的核心建設項目，規劃總面積53.55公頃，一期規劃建設封關面積29.29公頃。
2009年12月22日，南寧保稅物流中心順利通過了國務院聯合驗收組驗收，創造了我國保稅物流體系建設的“三個第一”：一是從項目開工建設到驗收僅用了208天，時間最短；二是創造了平均2.6天建設一層樓的“北部灣速度”，速度最快；三是中心的建成將成為我國西南地區最大的“無水港”。 2010年1月7日，在中國—東盟自由貿易區建成論壇期間，南寧保稅物流中心正式揭牌。7月26日，南寧保稅物流中心正式運營。
南寧保稅物流中心涵蓋保稅倉儲、轉口貿易與國際中轉、簡單增值加工、物流信息平臺、配套服務等五大功能。開展的業務主要有：一、保稅存儲進出口貨物及其他未辦結海關手續貨物；二、對所存貨物開展流通性簡單加工和增值服務；三、全球采購和國際分撥、配送；四、轉口貿易和國際中轉；五、經海關批準的其他國際物流業務。在中心開展的業務可享受保稅、退稅、免稅等優惠政策。
南寧市人民政府于2009年10月6日成立了南寧綜合保稅區籌備工作領導小組，并于2009年11月11日成立南寧保稅物流中心管理委員會，統一負責保稅物流中心的行政管理、日常事務管理和執法監管，協調保稅物流中心政策的實施，推動保稅物流中心的功能開發和營運發展，并加快南寧保稅物流中心向綜合保稅區過渡。
南寧保稅物流中心的設立，將港口的保稅功能區延伸到南寧，與此前已獲批準設立的欽州保稅港區、憑祥綜合保稅區和北海出口加工區拓展的保稅物流功能一起，共享“一港”待遇，構建起較為完善的廣西北部灣經濟區保稅物流體系。它的建成，必將進一步凸顯南寧市作為華南經濟圈、西南經濟圈和中國—東盟經濟圈交匯點的核心城市地位和作用，成為助推南寧加快建設區域性“三基地三中心”，構建區域性國際城市的強大“引擎”。
南寧保稅物流中心二期基礎設施工程建設是2010年五象新區開發攻堅戰的重點和亮點，規劃面積24.26公頃，總投資2.5億元，主要包括路場及附屬設施工程、冷庫工程和展示中心。該工程預計將在2010年10月竣工。其中展示中心已于2010年4月18日封頂；冷庫工程1＃庫已于2010年4月30日竣工，將于6月正式投入使用。在建中的冷庫工程1—4＃冷庫總庫容量高達5萬噸，建成后將成為我國西南地區最大的冷鏈物流樞紐基地。
