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2009年2月11日，國家海關(guān)總署、財政部、國家稅務(wù)總局和國家外匯管理局聯(lián)合批準(zhǔn)設(shè)立南寧保稅物流中心。南寧保稅物流中心位于南寧市南面，五象新區(qū)西南端，是中國—東盟國際物流基地的核心建設(shè)項目，規(guī)劃總面積53.55公頃，一期規(guī)劃建設(shè)封關(guān)面積29.29公頃。
2009年12月22日，南寧保稅物流中心順利通過了國務(wù)院聯(lián)合驗收組驗收，創(chuàng)造了我國保稅物流體系建設(shè)的“三個第一”：一是從項目開工建設(shè)到驗收僅用了208天，時間最短；二是創(chuàng)造了平均2.6天建設(shè)一層樓的“北部灣速度”，速度最快；三是中心的建成將成為我國西南地區(qū)最大的“無水港”。 2010年1月7日，在中國—東盟自由貿(mào)易區(qū)建成論壇期間，南寧保稅物流中心正式揭牌。7月26日，南寧保稅物流中心正式運營。
南寧保稅物流中心涵蓋保稅倉儲、轉(zhuǎn)口貿(mào)易與國際中轉(zhuǎn)、簡單增值加工、物流信息平臺、配套服務(wù)等五大功能。開展的業(yè)務(wù)主要有：一、保稅存儲進出口貨物及其他未辦結(jié)海關(guān)手續(xù)貨物；二、對所存貨物開展流通性簡單加工和增值服務(wù)；三、全球采購和國際分撥、配送；四、轉(zhuǎn)口貿(mào)易和國際中轉(zhuǎn)；五、經(jīng)海關(guān)批準(zhǔn)的其他國際物流業(yè)務(wù)。在中心開展的業(yè)務(wù)可享受保稅、退稅、免稅等優(yōu)惠政策。
南寧市人民政府于2009年10月6日成立了南寧綜合保稅區(qū)籌備工作領(lǐng)導(dǎo)小組，并于2009年11月11日成立南寧保稅物流中心管理委員會，統(tǒng)一負責(zé)保稅物流中心的行政管理、日常事務(wù)管理和執(zhí)法監(jiān)管，協(xié)調(diào)保稅物流中心政策的實施，推動保稅物流中心的功能開發(fā)和營運發(fā)展，并加快南寧保稅物流中心向綜合保稅區(qū)過渡。
南寧保稅物流中心的設(shè)立，將港口的保稅功能區(qū)延伸到南寧，與此前已獲批準(zhǔn)設(shè)立的欽州保稅港區(qū)、憑祥綜合保稅區(qū)和北海出口加工區(qū)拓展的保稅物流功能一起，共享“一港”待遇，構(gòu)建起較為完善的廣西北部灣經(jīng)濟區(qū)保稅物流體系。它的建成，必將進一步凸顯南寧市作為華南經(jīng)濟圈、西南經(jīng)濟圈和中國—東盟經(jīng)濟圈交匯點的核心城市地位和作用，成為助推南寧加快建設(shè)區(qū)域性“三基地三中心”，構(gòu)建區(qū)域性國際城市的強大“引擎”。
南寧保稅物流中心二期基礎(chǔ)設(shè)施工程建設(shè)是2010年五象新區(qū)開發(fā)攻堅戰(zhàn)的重點和亮點，規(guī)劃面積24.26公頃，總投資2.5億元，主要包括路場及附屬設(shè)施工程、冷庫工程和展示中心。該工程預(yù)計將在2010年10月竣工。其中展示中心已于2010年4月18日封頂；冷庫工程1＃庫已于2010年4月30日竣工，將于6月正式投入使用。在建中的冷庫工程1—4＃冷庫總庫容量高達5萬噸，建成后將成為我國西南地區(qū)最大的冷鏈物流樞紐基地。
